Freddie Mercury teve relacionamentos com homens e mulheres ao longo de sua vida. Em 1969, ele conheceu Mary Austin e eles começaram a namorar. Embora seu relacionamento tenha terminado alguns anos depois, eles permaneceram amigos próximos e Mary foi um grande apoio para Freddie em seus últimos anos de vida.
Freddie Mercury foi diagnosticado com AIDS em 1987, mas manteve sua condição em sigilo para o público até um dia antes de sua morte em 1991. Ele morreu de broncopneumonia, uma complicação da AIDS, em 24 de novembro de 1991.
Freddie Mercury tinha muitos hobbies e interesses fora da música. Ele adorava arte e design, e frequentemente visitava galerias dearte em suas viagens pelo mundo. Também era conhecido por ser um grande fã de gatos, tendo vários animais de estimação ao longo de sua vida.